A freguesia das Sete Cidades foi, durante muito tempo, assolada pelas cheias decorrentes da acumulação das águas das chuvas na lagoa. Em 1929, uma grande cheia levou os habitantes desta freguesia a dirigirem-se ao edifício da Junta Geral, exigindo uma solução para este problema. O Diretor de Obras Públicas do Distrito – Eng. Francisco Xavier Vaz Pacheco de Castro – ficou, então, responsável por projetar um túnel-canal que permitisse escoar as águas excedentes e fixar o nível de água na lagoa. Esta extraordinária obra de engenharia, com 1200 m de extensão, teve início a 1 de outubro de 1930 e foi inaugurada em 30 de dezembro de 1937; permite o escoamento das águas desde a zona do vale do Cabouco (no bordo interno da Caldeira das Sete Cidades) para a Grota do Alqueive (no bordo externo). Durante a escavação do túnel, o Eng. Francisco Xavier Vaz Pacheco de Castro procedeu à recolha sistemática de amostras geológicas que ofereceu ao Museu, organizadas no expositor onde ainda hoje podem ser admiradas.